1、减少有毒发酵产物及有害细菌酶的产生
人体体内和活体外粪便培养试验表明，摄入3周内，机体内即可减少44.6%有毒发酵产物和40.9%的有害细菌酶的产生。
2、抑制病原菌和腹泻
低聚木糖对病原菌有较强的吸附力，如大肠杆菌、肠炎门氏菌、嗜水气单胞菌等都能吸附到低聚木糖上，由于低聚木糖不被肠道中的消化酶所降解，可携带附着的病原菌通过肠道排出体外，从而防止疾病在肠道中集群，达到防止腹泻的目的。
3、防止便秘
双歧杆菌利用低聚木糖，产生大量的短链脂肪酸；能刺激肠道蠕动，增加粪便湿润度，并保持一定的渗透压，从而防止便秘发生。
4、保护肝脏功能
摄入低聚木糖，可减少有毒代谢产物形成，大大减少了肝脏分解毒素的负担。
5、降低血清胆固醇
摄入低聚木糖，持续2周至3个月，总血清胆固醇可降低20—50dl。还可提高女性血清中多密度脂蛋白胆固醇占总胆固醇的比率。
6、降低血压
研究表明，46个高血脂患者摄入低聚木糖持续5周后，其心脏舒张压平均下降了799.8Pa（6mmHg）。结果显示，人的心脏舒张压的高低与其粪便中双歧杆菌占总菌数的比率呈明显的负相关关系。
7、能增强机体免疫力，抗癌。
经大量试验结果表明，双歧杆菌在肠道内大量繁殖能够起到抗癌作用。这种抗癌作用归功于双歧杆菌的细胞、细胞壁成分和胞外分泌物，使机体免疫力提高。
8、具有良好的配伍性
研究表明，日常饮食中摄取少量的低聚木糖，便能体现出保健效果，当低聚木糖与钙同时摄入时，它不但不会影响机体对钙的吸收，反而能起促进作用，试验结果表明，任意摄取2%低聚木糖水溶液，7日后机体对Ca的保留率提高了21%。
9、能促使机体生成多种营养物质，包括维生素B1、B2、B6、B12、烟酸和叶酸。
10、预防和保护牙齿龋变，抑制口腔病菌的滋生。
龋齿是由于口腔微生物特别是链球菌侵蚀而引起的，低聚木糖不是这些口腔微生物的合适作用底物，因此不会引起牙齿龋变，从而抑制口腔病菌的生长。
